Архив с картой может содержать несколько файлов с разными типами ресурсов, используемых в этой карте. Чтобы карта нормально работала, эти файлы нужно размещить по разным директориям.
*.run - это и есть сама карта, самый главный файл. Помещается в Rune\Maps
*.utx - это архив с новыми текстурами, помещается в Rune\Textures
*.u, *.uc - это архивы со скриптами либо с новыми моделями. Помещается в Rune\System
*.uax - это архив со звуками. Помещается в Rune\Sounds
Вроде все. Если все файлы перемещены верно, то у вас не будет проблем с созданием сервера с новой картой.